ハードディスクのエラーチェックやメモリーテストでも異常が無く、レジストリ・クリーナー・ツールでも改善されませんでしたが、別のHDDにubuntuをインストールして起動した場合は問題が発生しないという状況でした。また、ディスク全体のウィルスチェックでは一晩中でも現象はおきませんでした。

おそらくアンインストールの際にレジストリが消されずに残ってしまったものが原因でアイドル時にOSがクラッシュしているものと思われます。
もう面倒なのでOS自体を再インストールしました。（笑）

以下はアプリケーション類再インストールの自分用メモ。

まず、OSが生きている間にMozBackupでFirefoxとThunderbirdをバックアップ。
システム用HDDを、ubuntuインストール用HDDを探した時に発見した（笑）未使用のHDD(500GB)と交換。
Windows XP Pro SP3をインストール。
（ドライバ）
マザーボードのドライバを付属CDからインストール。
ビデオカードのドライバ（前回アップデートした時のバックアップ）をインストール。
（ネットツール）
FirefoxとThunderbirdをダウンロードしてインストール。
MazBackupでFirefoxとThunderbirdのプロファイルデータをリストア。
Flash Player
SkypeおよびVP-820U（Skype用VoIPアダプタ）ドライバインストール
（注意）現時点ではVP-820UがSkype-4に未対応のためバックアップから旧バージョン(Skype-3.8)をインストール。
UltraVNC
クライアント／友人サポート用のリモートアクセスツール
WinSCP
SSH対応FTPソフト
Tera Term
SSH/Unicode対応ターミナルソフト
Dropbox
オンラインストレージDropboxクライアント
（セキュリティツール）
Avast! 4 Home Edition
Spybot
（マルチメディアツール）
iTunes+QuickTime
（ドキュメンテーションツール）
Adobe Reader

OpenOffice.org 3 独自ビルド版
Epson PM-G800 Driver
Epson Multi-PrintQuicker
CDR/DVDRのラベル印刷用
PrimoPDF
プリンタの出力をPDFに出力
秀丸エディタ
常用テキストエディタ
秀丸パブリッシャー
秀丸エディタ用印刷ツール
Greenshot
スクリーン・キャプチャ
Evernote
Evernote用クライアント
（各種ユーティリティ）
IDManager
パスワード管理
Orchis
アプリケーション・ランチャ
リンク作成シェル拡張
Windows 2000/XPでシンボリックリンク作成
DAEMON Tools Lite
仮想CD/DVDドライバ。CDROMの辞書やチュートリアル用に使っています。
7-Zip
アーカイバ
Synergy
複数のPC間でキーボードとマウスを共有。
めもりーくりーなー
メモリー管理
（開発ツール）
Java SE
Microsoft Visual C++ 2005 Express
Microsoft Platform SDK
Microsoft Visual C++ 2008 Express

現時点では以上。
後はインストール後随時本エントリーに追加の予定。